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Tomato Analyzer: A Useful Software Application to Collect Accurate and Detailed Morphological and Colorimetric Data from Two-dimensional Objects

Measuring fruit morphology and color traits of vegetable and fruit crops in an objective and reproducible way is important for detailed phenotypic ...

Hadamard transform time-of-flight mass spectrometry (HT-TOFMS) is based on the pseudorandom gating of ion packets into a time-of-flight mass-to-charge analyzer. In its typical implementation, the technique is able to monitor continuous ion sources with a 50% duty cycle, independent of all other figures of merit. Recently, we have demonstrated that the duty cycle can be extended to 100% using patterned, two-channel detection. Two-channel HT-TOFMS involves the simultaneous optimization of paired one-channel experiments and imposes more stringent conditions to achieve high-quality spectra. An ion modulation device, known as Bradbury-Nielson Gate (BNG), is central to HT-TOFMS. It is an ideal deflection plate, capable of transmitting or deflecting an ion beam according to a known binary sequence without changing the times-of-flight of the ions. Analytical equations are derived that accurately describe the ion modulation process of the BNG as confirmed by good agreement with SimIon simulations and ion beam imaging experiments. From these expressions, the duty cycle and ion modulation efficiency were calculated for various BNG parameters, ion beam characteristics, and detector dimensions, which permit the optimum conditions to be chosen for the two-channel experiment. We conclude that the outer detector should be three times the maximum deflection angle to detect all deflected ions (100% duty cycle) and that the difference between the modulated ion counts in the sequence elements 0 and 1 should be maximized to achieve high modulation efficiency. This condition is best achieved by tight focusing of the ion beam in the center of the inner detector. When both channels are optimized, the two-channel advantage can be exploited to achieve a further improvement over a single-channel experiment.

Duty cycle and modulation efficiency of two-channel Hadamard transform time-of-flight mass spectrometry.

Hadamard-Transformation Time-of-Flight mass Spectrometry (HT-TOFMS) basiert auf der pseudozuf&auml;lligen Anspritzung von Ion-Paketen in eine Time-of-Flight-Masse-zu-Ladung-Analyzer. In seiner typischen Implementierung ist die Technik in der Lage, kontinuierliche Ionenquellen mit einer 50 % Duty Cycle, unabh&auml;ngig von allen anderen Figuren der Verdienst zu &uuml;berwachen. Vor kurzem haben wir bewiesen, dass das Tastverh&auml;ltnis zu 100 % mit gemusterten, Zweikanal-Erkennung erweitert werden kann. Zweikanal-HT-TOFMS beinhaltet die gleichzeitige Optimierung der gepaarten einkanalige Experimente und legt strengere Bedingungen qualitativ hochwertige Spektren zu erreichen. Ein Ion-Modulation-Ger&auml;t, bekannt als Bradbury-Nielson Gate (BNG) ist zentral f&uuml;r HT-TOFMS. Es ist eine ideale Ablenkung-Platte, &Uuml;bertragung oder Ablenkung ein Ionenstrahl nach einer bekannten bin&auml;re Sequenz ohne den Mal-der Flug der Ionen. Analytische Gleichungen werden abgeleitet, die den Ion-Modulation-Prozess, der der BNG wie gutes Abkommen mit SimIon Simulationen und Ion Beam bildgebenden Experimenten best&auml;tigt genau zu beschreiben. Von solchen Ausdr&uuml;cken wurden die Pflicht-Zyklus und Ion-Modulation-Effizienz f&uuml;r verschiedene BNG-Parameter, Ion Beam Merkmale und Detektor-Dimensionen, die erlauben die optimalen Bedingungen f&uuml;r das zwei-Kanal-Experiment ausgew&auml;hlt werden berechnet. Wir schlie&szlig;en, da&szlig; der &auml;u&szlig;eren Melder sollten dreimal die maximale Ablenkwinkel, alle abgef&auml;lschte Ionen (100 % Einschaltdauer) zu erkennen, dass der Unterschied zwischen der modulierten Ion in der die Sequenzelemente 0 und 1 z&auml;hlt f&uuml;r die Erreichung hoher Modulation Effizienz maximiert werden sollte. Diese Bedingung wird am besten durch enge Fokussierung der Ionenstrahl in der Mitte des inneren Detektors erreicht. Wenn beide Kan&auml;le optimiert sind, kann der zwei-Kanal-Vorteil ausgenutzt werden, um eine weitere Verbesserung &uuml;ber ein Einkanal-Experiment zu erreichen.

Pflicht-Zyklus und Modulation Effizienz der Zweikanal-Hadamard-Transformation Time-of-Flight-Massenspektrometrie.

Cucumber (Cucumis sativus L.; 2n = 2x = 14) has a narrow genetic base, and commercial yield of US processing cucumber has plateaued in the last 15 years. Yield may be increased by altering plant architecture to produce unique early flowering (days to flower, DTF), female (gynoecious, GYN), highly branched (multiple lateral branching, MLB), long-fruited (length:diameter ratio, L:D) cultivars with diverse plant statures. The genetic map position of QTL conditioning these quantitatively inherited yield component traits is known, and linked molecular markers may have utility in marker-assisted selection (MAS) programs to increase selection efficiency, and effectiveness. Therefore, a base population (C0), created by intermating four unique but complementary lines, was subjected to three cycles (C1-C3) of phenotypic (PHE) mass selection for DTF, GYN, MLB, and L:D. In tandem, two cycles of marker-assisted backcrossing for these traits began with selected C2 progeny (C2S) to produce families (F1[i.e., C2S x C2S], and BC(1) [i.e., F1 x C2S]) for line extraction, and for comparative analysis of gain from selection by PHE selection, and MAS. Frequencies of marker loci were used to monitor selection-dependent changes during PHE selection, and MAS. Similar gain from selection was detected as a result of PHE selection, and MAS for MLB (approximately 0.3 branches/cycle), and L:D (approximately 0.1 unit increase/cycle) with concomitant changes in frequency at linked marker loci. Although genetic gain was not realized for GYN during PHE selection, the percentage of female flowers of plants subjected to MAS was increased (5.6-9.8% per cycle) depending upon the BC1 population examined. Selection-dependent changes in frequency were also detected at marker loci linked to female sex expression during MAS. MAS operated to fix favorable alleles that were not exploited by PHE selection in this population, indicating that MAS could be applied for altering plant architecture in cucumber to improve its yield potential.

Population development by phenotypic selection with subsequent marker-assisted selection for line extraction in cucumber (Cucumis sativus L.).

Gurke (Cucumis Sativus L.; 2n = 2 X = 14) hat eine schmale genetische Basis und kommerzielle Ausbeute von uns Verarbeitung Gurke hat in den letzten 15 Jahren haben. Ausbeute kann erh&ouml;ht werden durch die Ver&auml;nderung von Pflanzen-Architektur, um einzigartige fr&uuml;he Bl&uuml;te (Tage, Blume, DTF) zu produzieren, weiblich (Gynoecious, GYN), stark verzweigt (mehrere seitliche Verzweigung, MLB), lang-fruited (L&auml;nge: Durchmesser-Verh&auml;ltnis, L:D) Sorten mit unterschiedlichen Pflanzen Stellungen. Die genetische Karte-Position des QTL Klimaanlage diese quantitativ geerbten Ausbeute Komponente Eigenschaften bekannt ist, und verkn&uuml;pfte molekularer Marker m&ouml;glicherweise Dienstprogramm in Markierung-gest&uuml;tzte Auswahl (MAS) Programme zur Auswahl-Effizienz und Effektivit&auml;t zu erh&ouml;hen. Daher wurde erstellt von intermating vier einzigartige, aber einander erg&auml;nzenden Linien base Einwohner (C0), drei Zyklen (C1-C3) ph&auml;notypische (PHE) mass Auswahl f&uuml;r DTF, GYN, MLB und L:D unterzogen. Im Tandem, zwei Zyklen der Markierung-assistierte R&uuml;ckkreuzung f&uuml;r diese Z&uuml;ge begann mit ausgew&auml;hlten C2 Nachkommen (C2S) Familien produzieren (F1[i.e., C2S X C2S] und BC(1) [d. h. F1 X C2S]) f&uuml;r Linie Extraktion und vergleichende Analyse der Gewinn aus der Auswahl von PHE-Auswahl und MAS. Frequenzen der Markierung Loci wurden zur Auswahl-abh&auml;ngige &Auml;nderungen bei PHE-Auswahl und MAS zu &uuml;berwachen. F&uuml;r MLB (ca. 0,3 Zweige/Zyklus) und L:D wurde das &auml;hnliche Steigerung von Auswahl aufgrund von PHE-Auswahl und MAS erkannt. (ca. 0,1 Einheit erh&ouml;hen/Zyklus) mit damit einhergehenden Ver&auml;nderungen in der Frequenz bei verkn&uuml;pften Markierung Loci. Obwohl genetische Gewinn nicht f&uuml;r GYN w&auml;hrend PHE-Auswahl, der Anteil der weiblichen Bl&uuml;ten der Pflanzen ausgesetzt bemerkt wurde, MAS erh&ouml;ht (5.6-9,8 % pro Zyklus) je war, nach der BC1-Bev&ouml;lkerung untersucht. Auswahl-abh&auml;ngige &Auml;nderungen in der H&auml;ufigkeit wurden auch auf Markierung Loci Zusammenhang mit weiblichen Geschlechts Ausdruck w&auml;hrend MAS erkannt. MAS betrieben, g&uuml;nstigen Allele zu beheben, die nicht ausgenutzt wurden, von PHE-Auswahl in dieser Population, die darauf hinweist, dass MAS konnten, zum &Auml;ndern der Pflanze Architektur in Gurken &uuml;bernommen werden um seine Ausbeute zu verbessern.

Entwicklung der Einwohnerzahl von ph&auml;notypischen Auswahl mit nachfolgenden Markierung-gest&uuml;tzte Auswahl f&uuml;r Linie Extraktion in Gurke (Cucumis Sativus L.).

A Bradbury-Nielsen gate (BNG) consists of two interleaved and electrically isolated sets of wires and can transmit or deflect charged particles by applying a varying voltage difference across the two wire sets. We present a simple template-based method to fabricate BNGs with wire spacings as small as 50 microm with minimal use of a microscope. The small wire spacing allows modulation rates at tens of megahertz. Using this method, we have fabricated four BNGs with wire spacings of 500, 200, 100, and 50 microm using 10 microm gold-coated tungsten wires. The performance of the four BNGs is characterized using an imaging detector and compared with theoretical predictions.

Simple template-based method to produce Bradbury-Nielsen gates.

Ein Bradbury-Nielsen-Tor (BNG) kann besteht aus zwei ineinander verwobene und galvanisch getrennte S&auml;tze von Dr&auml;hten und &uuml;bertragen oder ablenken von geladenen Teilchen durch Anwenden unterschiedlicher Spannung Unterschied &uuml;ber die Zweileiter-Datens&auml;tze. Wir pr&auml;sentieren eine einfache Template-basierte Methode zum BNGs mit Draht Abst&auml;nde so klein wie 50 Microm mit minimalem ein Mikroskop zu fabrizieren. Der kleine Draht Abstand erm&ouml;glicht Modulation Preise bei Zehntausenden von Megahertz. Mit dieser Methode haben wir vier BNGs mit Draht Abst&auml;nde von 500, 200, 100 und 50 Microm mit 10 Microm Gold-&uuml;berzogenen Wolfram Dr&auml;hten hergestellt. Die Leistung von vier BNGs zeichnet sich mit einem bildgebenden Detektor und im Vergleich mit den theoretischen Vorhersagen.

Einfache Template-basierte Methode, Bradbury-Nielsen Tore zu produzieren.

Bradbury-Nielsen gates (BNGs) are a standard way for gating or steering beams of charged particles in ion mobility spectrometry and time-of-flight mass spectrometry. They consist of a pair of interleaved electrodes that when at the same potential allow ions to pass through the electrodes undeflected and, when a voltage is applied, cause the ions to be deflected from their propagation axis. Previous efforts to construct such devices have relied on mechanical assembly by winding wires across an aperture. We describe a micromachining method for making monolithic BNGs using deep reactive ion etching of silicon-on-insulator wafers. This method enables the creation of electrodes with spacings ranging from 25 to 100 microm with a thickness of 20 microm, covering a 5 mm by 5 mm active area. We characterize the performance of these micromachined BNGs by ion imaging in a pseudorandom time-of-flight mass spectrometer.

Micromachined Bradbury-Nielsen gates.

Bradbury-Nielsen Tore (BNGs) sind ein Standardverfahren f&uuml;r Anschnitt- oder Lenkung Balken von geladenen Teilchen in Ionen-Mobilit&auml;t-Spektrometrie und Time-of-Flight-Massenspektrometrie. Sie bestehen aus einem Paar von Interleaving Elektroden erm&ouml;glichen, dass bei der gleichen Potential Ionen durch die Elektroden, undeflected und, wenn eine Spannung angelegt wird, verursachen die Ionen, aus deren Vermehrung-Achse abgelenkt werden. Fr&uuml;here Bem&uuml;hungen um solche Ger&auml;te zu konstruieren haben auf mechanische Montage verlassen, durch die gewundenen Dr&auml;hte &uuml;ber eine Blende. Wir beschreiben eine Micromachining-Methode zur Herstellung von monolithischen BNGs mit tief reaktive Ionen &Auml;tzen von Silicon-on-Insulator-Wafern. Diese Methode erm&ouml;glicht das Erstellen von Elektroden mit Abst&auml;nden von 25 bis 100 Microm mit einer Dicke von 20 Microm, eine 5 mm x 5 mm aktiver Bereich abdeckt. Wir charakterisieren die Leistung von diesen Mikromaschinen BNGs durch Ionen-Bildgebung in einem Pseudozufallszahlen Time-of-Flight-Massenspektrometer.

Micromachined Bradbury-Nielsen Tore.

A high voltage, variable-frequency driver circuit for powering resonant multipole ion guides is presented. Two key features of this design are (1) the use of integrated circuits in the driver stage and (2) the use a stepper motor for tuning a large variable capacitor in the resonant stage. In the present configuration the available frequency range spans a factor of 2. The actual values of the minimum and maximum frequencies depend on the chosen inductor and the capacitance of the ion guide. Feedback allows for stabilized, computer-adjustable rf amplitudes over the range of 5-500 V. The rf power supply was characterized over the range of 350-750 kHz and evaluated by driving a quadrupole ion guide in an electrospray time-of-flight mass spectrometer.

Computer-controlled, variable-frequency power supply for driving multipole ion guides.

Eine hohe Spannung, ist Variable Frequenz Treiberschaltung zur Versorgung von resonanten Multipol Ion Hilfslinien dargestellt. Zwei charakteristische Merkmale dieses Designs sind (1) die Verwendung von integrierten Schaltungen in der Treiberstufe und (2) die Verwendung ein Schrittmotor f&uuml;r tuning einen gro&szlig;en Variablen Kondensator in der schwingenden B&uuml;hne. In der derzeitigen Konfiguration reicht der verf&uuml;gbare Frequenzbereich den Faktor 2. Die tats&auml;chlichen Werte der minimalen und maximalen Frequenzen h&auml;ngen von der gew&auml;hlten Induktivit&auml;t und der Kapazit&auml;t von der Ion-Guide. Feedback erm&ouml;glicht &uuml;ber den Bereich von 5-500 V stabilisiert, Computer-einstellbare HF-Amplituden. Die rf-Stromversorgung wurde &uuml;ber den Bereich von 350-750 kHz gekennzeichnet und durch fahren einen Quadrupol-Ion-F&uuml;hrer in einem Elektrospray-Time-of-Flight-Massenspektrometer ausgewertet.

Computergesteuerte, Variable Frequenz Netzteil f&uuml;r Multipol Ion Leitf&auml;den zu fahren.

We have designed and constructed a continuous imaging reflectron time-of-flight mass spectrometer (TOFMS) that provides a mass spectrum at every pixel of a two-dimensional image with a 100% duty cycle. The technique is based on pseudorandom ion beam modulation and three-dimensional ( x, y, t) ion imaging. We use a multichannel plate detector with a delay-line anode that provides x, y positions and flight times t of every ion arrival event. The precision of the peak heights in the 100% duty cycle mass spectra is shown to be enhanced even at short (10 ms) acquisition times, which should prove useful for the study of solution kinetics or fast chromatographic separations. As a demonstration of the system's capability, we have imaged the fragmented ions that underwent surface-induced dissociation inside the reflectron and the ions that fragmented spontaneously through postsource decay.

Continuous time-of-flight ion imaging: application to fragmentation.

Wir haben entworfen und konstruiert eine kontinuierliche bildgebenden Reflectron Time-of-Flight Massenspektrometer (TOFMS), die ein Massenspektrum auf jedes Pixel eines zweidimensionalen Bildes mit einer 100 % Einschaltdauer bietet. Die Technik ist basierend auf Pseudozufallszahlen Ion Beam Modulation und dreidimensionale (X, y, t) Ion Bildgebung. Wir verwenden einen Mehrkanal-Platte-Detektor mit einer Verz&ouml;gerungslinie Anode, die bietet x-, y-Positionen und Flug mal t jeder Ion-Anreise-Veranstaltung. Die Genauigkeit der die Peakh&ouml;hen in der 100 % Einschaltdauer Massenspektren zeigt sich auch bei kurzen (10 ms) Akquisition verbessert werden Zeiten, die n&uuml;tzlich f&uuml;r das Studium der L&ouml;sung Kinetik oder schnell Chromatographische Trennungen erweisen sollte. Als Demonstration der F&auml;higkeit des Systems haben wir abgebildet, die fragmentierten Ionen, die Oberfl&auml;che-induzierte Dissoziation innerhalb der Reflectron unterzog und die Ionen, die spontan durch postsource Zerfall fragmentiert.

Kontinuierliche Time-of-Flight-Ion Bildgebung: Anwendung auf Fragmentierung.

Bacterial spot of tomato is caused by four species of Xanthomonas. The accession PI 128216 (Solanum pimpinellifolium) displays a hypersensitive reaction (HR) to race T3 strains (predominantely Xanthomonas perforans). We developed an inbred backcross (IBC) population (BC(2)S(5), 178 families) derived from PI 128216 and OH88119 (S. lycopersicum) as the susceptible recurrent parent for simultaneous introgression and genetic analysis of the HR response. These IBC families were evaluated in the greenhouse for HR to race T3 strain Xcv761. The IBC population was genotyped with molecular markers distributed throughout the genome in order to identify candidate loci conferring resistance. We treated the IBC population as a hypothesis forming generation to guide validation in subsequent crosses. Nonparametric analysis identified an association between HR and markers clustered on chromosome 11 (P < 0.05 to 0.0001) and chromosome 6 (0.04 > P > 0.002). Further analysis of the IBC population suggested that markers on chromosome 6 and 11 failed to assort independently, a phenomenon known as gametic phase disequilibrium. Therefore, to validate marker-trait linkages, resistant IBC plants were crossed with OH88119 and BC(3)F(2) progeny were evaluated for HR in the greenhouse. In these subsequent populations, the HR response was associated with the chromosome 11 markers (P < 0.0002) but not with the markers on chromosome 6 (P > 0.25). Independent F(2) families were developed by crossing resistant IBC lines to OH8245, OH88119, and OH7530. These populations were genotyped, organized into classes based on chromosome 11 markers, and evaluated for resistance in the field. The PI 128216 locus on chromosome 11 provided resistance that was dependent on gene dosage and genetic background. These results define a single locus, Rx-4, from PI 128216, which provides resistance to bacterial spot race T3, has additive gene action, and is located on chromosome 11.

Characterization of hypersensitive resistance to bacterial spot race T3 (Xanthomonas perforans) from tomato accession PI 128216.

Bakterielle Spot der Tomaten wird durch vier Arten von Xanthomonas verursacht. Der Beitritt PI 128216 (Solanum Pimpinellifolium) zeigt eine hypersensible Reaktion (HR), T3-St&auml;mme (t&auml;tigte Xanthomonas Perforans) zu fahren. Wir entwickelten eine inzestu&ouml;se Erbgang (IBC) Bev&ouml;lkerung (BC(2)S(5), 178 Familien) abgeleitet von PI 128216 und OH88119 (S. Lycopersicum) als wiederkehrende &uuml;bergeordneten anf&auml;llig f&uuml;r gleichzeitige Introgression und genetische Analyse der HR-Antwort. Diese IBC-Familien wurden im Gew&auml;chshaus f&uuml;r HR T3-Stamm Xcv761 Rennen ausgewertet. IBC hatte genotypisierten mit molekularer Marker im ganzen Genom verteilt werden, um Kandidaten Loci eine Resistenz zu identifizieren. Wir behandelt die IBC-Bev&ouml;lkerung als Hypothese bilden Generation, Validierung in nachfolgenden Kreuze zu f&uuml;hren. Nicht-parametrische Analyse identifiziert eine Zuordnung zwischen HR und Marker auf dem Chromosom 11 clustered (P &lt; 0,05 bis 0,0001) und chromosom 6 (0,04 &gt; P &gt; 0.002). Weitere Analyse der IBC Bev&ouml;lkerung vorgeschlagen, dass Marker auf dem Chromosom 6 und 11 nicht unabh&auml;ngig, ein Ph&auml;nomen bekannt als gametic Phase Ungleichgewicht einzusortieren. Daher, um Markierung-Zug-Verbindungen zu &uuml;berpr&uuml;fen, wurden best&auml;ndige IBC Pflanzen gekreuzt mit OH88119 und BC(3)F(2) Nachkommen waren f&uuml;r HR im Gew&auml;chshaus ausgewertet. In diesen nachfolgenden Populationen, die HR reagierten die Chromosom 11-Marker zugeordnet (P &lt; 0.0002) aber nicht mit den markern auf chromosom 6 (P &gt; 0.25). Unabh&auml;ngige f Absatz 2 Familien wurden durch Kreuzung best&auml;ndig IBC-Linien und OH8245, OH88119 und OH7530 entwickelt. Diese Populationen waren genotypisierten, organisiert in Klassen auf Chromosom 11 Marker und f&uuml;r Widerstand im Bereich ausgewertet. Der Widerstand von PI 128216 Locus auf Chromosom 11 bereitgestellt, der Gen-Dosierung und genetischen Hintergrund abh&auml;ngig war. Diese Ergebnisse definieren einen einzigen Ort, Rx-4, von PI 128216, die Resistenz gegen bakterielle Ort bietet Rennen T3, hat additive gen Aktion und befindet sich auf Chromosom 11.

Charakterisierung der &uuml;berempfindlichen Widerstand gegen bakterielle vor Ort Rennen T3 (Xanthomonas Perforans) von Tomaten Beitritt PI 128216.

The sampling rate and imaging capabilities of desorption electrospray ionization (DESI) are examined using a rotating sample platform combined with Hadamard transform time-of-flight mass spectrometry (HTTOFMS), a multiplexed time-of-flight technique that allows for millisecond acquisition of full mass-to-charge ratio scans. DESI-compatible dyes are used to produce spatially defined sample patterns on poly(methyl methacrylate) discs. Control of disk rotation rate sets the residence time of the sample spots in the DESI plume, and thus the sampling rate. Surface patterns of alternating analytes are spectrally resolved up to 80 samples/s and single-analyte spots up to 50 samples/s. The rapid movement of the surface under the DESI plume allows for high DESI solution flow rates without blurring the chemical information on the surface. Data from multiple rotations can be additively combined, generating a chemical image of the surface with improved signal-to-noise characteristics. This multipass data enables analysis of the rising and falling edges of the analyte signal, placing a lower limit on both the temporal resolution of DESI and the maximum achievable sampling rate. Multipass analysis is proposed as a method for DESI surface imaging.

Desorption electrospray ionization: achieving rapid sampling rates.

Die Probenahme-Tarif und Imaging-Funktionen des Desorption Elektrospray-Ionisation (DESI) sind mit eine rotierenden Probe-Plattform kombiniert mit Hadamard Transformation Time-of-Flight mass Spectrometry (HTTOFMS), eine Multiplex Time-of-Flight-Technik, die Millisekunde Erwerb der Masse-zu-Ladung-Verh&auml;ltnis Scans erm&ouml;glicht &uuml;berpr&uuml;ft. DESI-kompatiblen Farbstoffe werden verwendet, um r&auml;umlich definierten Probe-Muster auf Poly(methylmethacrylat) DVDs zu erzeugen. Kontrolle der Disk-Drehung-Rate legt die Verweilzeit der Probe Flecken in der DESI-Plume und somit die Sampling-Rate. Oberfl&auml;chenstrukturen abwechselnder Analyte werden bis zu 80 Proben/s spektral aufgel&ouml;st und Einzel-Analyten Flecken bis zu 50 Proben/s. Die schnelle Bewegung der Oberfl&auml;che unter die DESI-Plume erm&ouml;glicht hohe Volumenstr&ouml;me f&uuml;r DESI-L&ouml;sung ohne die chemische Informationen auf der Oberfl&auml;che verwischt. Daten aus mehreren Drehungen k&ouml;nnen Additiv kombiniert werden, Erstellen eines chemisches Image der Oberfl&auml;che mit verbesserten Signal/Rausch-Eigenschaften. Diese multipass Daten erm&ouml;glicht die Analyse der steigenden und fallenden Kanten des Analyten Signals, Inverkehrbringen eine Untergrenze die zeitliche Aufl&ouml;sung der DESI und die maximale erreichbare Samplingrate. Multipass-Analyse ist eine Methode f&uuml;r DESI Oberfl&auml;che Imaging vorgeschlagen.

Desorption Elektrospray-Ionisation: schnelle Abtastrate zu erreichen.

Cultivated tomato (Solanum lycopersicum L.) has narrow genetic diversity that makes it difficult to identify polymorphisms between elite germplasm. We explored array-based single feature polymorphism (SFP) discovery as a high-throughput approach for marker development in cultivated tomato.

Oligonucleotide array discovery of polymorphisms in cultivated tomato (Solanum lycopersicum L.) reveals patterns of SNP variation associated with breeding.

Kultivierte Tomate (Solanum Lycopersicum L.) hat schmalen genetischen Vielfalt, der es schwer auszumachen Polymorphismen zwischen elit&auml;ren Germplasm macht. Wir untersuchten einzelne Funktion Array-basierte Polymorphismus (SFP) Entdeckung als Hochdurchsatz-Ansatz f&uuml;r die Entwicklung der Markierung im angebauten Tomaten.

Oligonukleotid-Array-Entdeckung von Polymorphismen in kultivierte Tomate (Solanum Lycopersicum L.) zeigt Verlaufsmuster der SNP-Variation, die Zucht zugeordnet.

A home-built stopped-flow apparatus is interfaced to a Hadamard transform time-of-flight mass spectrometer, which permits study of reaction kinetics with a time between reaction initiation and observation as short as about 100 ms and a sampling rate of chemical change that can approach 1 ms. This technique is applied to the trypsin-catalyzed hydrolysis of several peptides and is validated by comparing the results with literature values as well as to optical data obtained with the present stopped-flow apparatus. In addition, we report a kinetic study of the action of trypsin on a peptide having more than one cleavage site.

Stopped-flow kinetic analysis using Hadamard transform time-of-flight mass spectrometry.

Ein Haus baute gestoppt-Flow-Ger&auml;t ist an eine Hadamard-Transformation Time-of-Flight angeschlossen, Massenspektrometer, die erm&ouml;glicht Studium der Reaktionskinetik mit einer Zeit zwischen Reaktion Einleitung und Beobachtung so kurz wie etwa 100 ms und einer Abtastrate von chemisch zu ver&auml;ndern, die 1 Frau n&auml;hern kann diese Technik wird angewendet, um die Trypsin-katalysierte Hydrolyse von verschiedenen Peptiden und werden durch Vergleich der Ergebnisse mit Literatur Werte als auch hinsichtlich der optischen Daten, die mit dem vorliegenden gestoppt-Flow-Ger&auml;t &uuml;berpr&uuml;ft. Dar&uuml;ber hinaus berichten wir ein Peptid mit mehr als einem Dekollet&eacute;-Site eine kinetische Untersuchung der Wirkung von Trypsin.

Kinetische gestoppt-Flow-Analyse mit Hadamard-Transformation Time-of-Flight-Massenspektrometrie.

The history of tomato (Solanum lycopersicum L.) improvement includes genetic bottlenecks, wild species introgressions, and divergence into distinct market classes. This history makes tomato an excellent model to investigate the effects of selection on genome variation. A combination of linkage mapping in two F(2) populations and physical mapping with emerging genome sequence data was used to position 434 PCR-based markers including SNPs. Three-hundred-and-forty markers were used to genotype 102 tomato lines representing wild species, landraces, vintage cultivars, and contemporary (fresh market and processing) varieties. Principal component analysis confirmed genetic divergence between market classes of cultivated tomato (P <0.0001). A genome-wide survey indicated that linkage disequilibrium (LD) decays over 6-8 cM when all cultivated tomatoes, including vintage and contemporary, were considered together. Within contemporary processing varieties, LD decayed over 6-14 cM, and decay was over 3-16 cM within fresh market varieties. Significant inter-chromosomal (gametic phase) LD was detected in both fresh market and processing varieties between chromosomes 2 and 3, and 2 and 4, but in distinct chromosomal locations for each market class. Additional LD was detected between chromosomes 3 and 4, 3 and 11, and 4 and 6 in fresh market varieties and chromosomes 3 and 12 in processing varieties. These results suggest that breeding practices for market specialization in tomato have led to a genetic divergence between fresh market and processing types.

Mapping and linkage disequilibrium analysis with a genome-wide collection of SNPs that detect polymorphism in cultivated tomato.

Die Geschichte der Tomate (Solanum Lycopersicum L.) Verbesserung umfasst genetische Engp&auml;sse, Wildform Introgressions und Divergenz in gesonderter Markt-Klassen. Diese Geschichte macht Tomaten ein hervorragendes Modell, die Auswirkungen einer Selektion auf Genom-Variation zu untersuchen. Eine Kombination aus Verkn&uuml;pfung Zuordnung in beiden f Absatz 2 Populationen und physikalische Zuordnung mit aufstrebenden Genom-Sequenz, die Daten verwendet wurden, um 434 PCR-basierten Markern einschlie&szlig;lich SNPs. drei-hundert-und-vierzig Marker zu positionieren wurden zur Genotyp 102 Tomaten Linien darstellen Wildform, Landsorten, alte Sorten und zeitgen&ouml;ssische (Frischmarkt und Verarbeitung) Sorten. Hauptkomponentenanalyse best&auml;tigt genetische Divergenz zwischen Markt Klassen kultivierte Tomate (P &lt; 0,0001). Eine genomweiten Umfrage angegeben, dass die Verkn&uuml;pfung Ungleichgewicht (LD) &uuml;ber 6-8 cM zerf&auml;llt, wenn alle Tomaten angebaut, einschlie&szlig;lich alte und zeitgen&ouml;ssische, galten zusammen. Innerhalb zeitgen&ouml;ssischer Verarbeitung Sorten LD verfiel &uuml;ber 6-14 cM und Zerfall war &uuml;ber 3-16 cM innerhalb Frischmarkt Sorten. Erhebliche inter-chromosomal (gametic Phase) LD wurde in marktfrische und Verarbeitung Sorten zwischen Chromosomen 2 und 3, 2 und 4, aber in unterschiedliche chromosomale Standorte f&uuml;r jede Klasse Markt erkannt. Zus&auml;tzliche LD zwischen Chromosomen 3 und 4, 3 und 11, und 4 und 6 in Frischmarkt Sorten und Chromosomen 3 und 12 Sorten Verarbeitung wurde erkannt. Diese Ergebnisse legen nahe, dass Zucht Praktiken f&uuml;r die Markt-Spezialisierung in Tomaten auf eine genetische Abweichung zwischen marktfrische und Verarbeitungsarten gef&uuml;hrt haben.

Zuordnung und Verkn&uuml;pfung Dys&auml;quilibrium-Analyse mit einer genomweiten Sammlung von SNPs, die erkennt, Polymorphismus in angebauten Tomaten.

Bacterial spot of tomato (Solanum lycopersicum) is caused by four species of Xanthomonas. The disease causes significant yield losses and a reduction in fruit quality. Physiological races have been described with tomato race 3 (T3) corresponding to strains of Xanthomonas perforans. The breeding line Hawaii 7981 (hereafter H7981) shows a hypersensitive reaction (HR) to race T3 strains conditioned by the interaction of the host resistance locus Xv3 and the bacterial effector avrXv3. The Xv3 gene is required for H7981-derived resistance to be effective under field conditions, though its expression is subject to genetic background. The segregation of HR in F(2) populations derived from H7981 crossed to processing tomato parents OH88119 and OH7870 was studied in 331 progeny, with the two independent crosses providing validation. We screened 453 simple-sequence repeat, insertion/deletion, and single-nucleotide polymorphism markers and identified 44 polymorphic markers each for the OH88119 and OH7870 populations covering 84.6 and 73.3% of the genome, respectively, within 20 centimorgans (cM). Marker-trait analysis using all polymorphic markers demonstrated that Xv3-mediated resistance maps to chromosome 11 in the two independent crosses. Allelism tests were conducted in crosses between lines carrying Xv3 derived from H7981, Rx-4 derived from plant introduction (PI) 128216, and resistance derived from PI 126932. These allelism tests suggested that the loci conditioning HR to race T3 strains are linked within 0.1 cM, are allelic, or are the same gene.

Molecular mapping of hypersensitive resistance from tomato 'Hawaii 7981' to Xanthomonas perforans race T3.

Bakterielle Spot der Tomate (Solanum Lycopersicum) wird durch vier Arten von Xanthomonas verursacht. Die Krankheit verursacht erhebliche Ausbeute Verluste und eine Verringerung der Fruchtqualit&auml;t. Physiologische Rassen wurden mit Tomaten-Rennen 3 (T3) entspricht St&auml;mmen von Xanthomonas Perforans beschrieben. Die Zucht-Linie Hawaii 7981 (nachfolgend H7981) zeigt eine hypersensible Reaktion (HR) Rennen T3 Belastungen bedingt durch das Zusammenspiel von der Host-Widerstand-Locus Xv3 und der bakteriellen Effektor-avrXv3. Das Xv3-gen ist erforderlich f&uuml;r H7981 abgeleiteten Widerstand unter Feldbedingungen, wirksam zu seinen Ausdruck bedarf zwar genetischen Hintergrund. Die Segregation von HR in f Absatz 2 Populationen von H7981 gekreuzt auf die Verarbeitung von Tomaten Eltern OH88119 und OH7870 abgeleitet wurde in 331 Nachkommen untersucht, mit den zwei unabh&auml;ngigen kreuzt die Validierung. Wir geschirmt 453 einfach-Sequenz wiederholen, einf&uuml;gen/l&ouml;schen und Einzel-Nukleotid Polymorphie Marker und 44 polymorpher Marker f&uuml;r die Bev&ouml;lkerung des OH88119 und OH7870 plus 84,6 73,3 % des Genoms, bzw. innerhalb von 20 Centimorgans (cM) identifiziert. Markierung-Merkmal-Analyse mit alle polymorphe Markern bewiesen, dass Xv3-vermittelten Resistenz Chromosom 11 in zwei unabh&auml;ngige Kreuze zuordnet. Allelism Tests wurden durchgef&uuml;hrt in Kreuzungen zwischen Linien, die Durchf&uuml;hrung von H7981 abgeleitete Xv3, Rx-4 abgeleitet von Pflanze-Einf&uuml;hrung (PI) 128216 und Widerstand von PI 126932 abgeleitet. Diese Allelism Tests vorgeschlagen, dass die Loci Klimaanlage HR Rennen T3 Belastungen innerhalb von 0,1 cM verbunden sind, sind allelische oder dasselbe Gen.

Article	Year
Duty cycle and modulation efficiency of two-channel Hadamard transform time-of-flight mass spectrometry. Journal of the American Society for Mass Spectrometry\| PubMed ID: 16198595	2005
Population development by phenotypic selection with subsequent marker-assisted selection for line extraction in cucumber (Cucumis sativus L.). TAG. Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik\| PubMed ID: 16397790	2006
Simple template-based method to produce Bradbury-Nielsen gates. Journal of the American Society for Mass Spectrometry\| PubMed ID: 17827033	2007
Micromachined Bradbury-Nielsen gates. Analytical chemistry\| PubMed ID: 17966990	2007
Computer-controlled, variable-frequency power supply for driving multipole ion guides. The Review of scientific instruments\| PubMed ID: 18377035	2008
Continuous time-of-flight ion imaging: application to fragmentation. Analytical chemistry\| PubMed ID: 18837560	2008
Characterization of hypersensitive resistance to bacterial spot race T3 (Xanthomonas perforans) from tomato accession PI 128216. Phytopathology\| PubMed ID: 19671005	2009
Desorption electrospray ionization: achieving rapid sampling rates. Analytical chemistry\| PubMed ID: 19778033	2009
Oligonucleotide array discovery of polymorphisms in cultivated tomato (Solanum lycopersicum L.) reveals patterns of SNP variation associated with breeding. BMC genomics\| PubMed ID: 19818135	2009
Stopped-flow kinetic analysis using Hadamard transform time-of-flight mass spectrometry. Analytical chemistry\| PubMed ID: 20843011	2010
Mapping and linkage disequilibrium analysis with a genome-wide collection of SNPs that detect polymorphism in cultivated tomato. Journal of experimental botany\| PubMed ID: 21193580	2011
Molecular mapping of hypersensitive resistance from tomato 'Hawaii 7981' to Xanthomonas perforans race T3. Phytopathology\| PubMed ID: 21916626	2011

Matthew D. Robbins

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