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MISSION esiRNA for RNAi Screening in Mammalian Cells

RNA interference (RNAi) is a basic cellular mechanism for the control of gene expression. RNAi is induced by short double-stranded RNAs also known as ...

Cytohesins are a family of highly homologous guanine nucleotide exchange factors (GEFs) that act on ADP-ribosylation factors (ARFs). The small ARF-GEFs are involved in integrin signaling, actin cytoskeleton remodeling, and vesicle transport. Here, we selected and applied a specific inhibitor for ARF nucleotide-binding site opener (ARNO)/cytohesin-2, an RNA aptamer that clearly discriminates between cytohesin-1 and cytohesin-2. This reagent bound to an N-terminal segment of cytohesin-2 and did not inhibit ARF-GEF function in vitro. When transfected into HeLa cells, it persisted for at least 6 h without requiring stabilization. Its effect in vivo was to down-regulate gene expression mediated through the serum-response element and knockdown mitogen-activated protein kinase activation, indicating that cytohesin-2 acts by means of mitogen-activated protein kinase signaling. We conclude that the N-terminal coiled-coil and parts of the Sec7 domain of cytohesin-2 are required for serum-mediated transcriptional activation in nonimmune cells, whereas cytohesin-1 is not. Our results indicate that intramer technology can be used not only for assigning novel biological functions to proteins or protein domains but also to prove nonredundancy of highly homologous proteins.

Discriminatory aptamer reveals serum response element transcription regulated by cytohesin-2.

Diskriminierende Aptamer zeigt Serum Response Element Transkription durch Cytohesin-2 reguliert.

The noncoding RNA B2 and the RNA aptamer FC bind RNA polymerase (Pol) II and inhibit messenger RNA transcription initiation, but not elongation. We report the crystal structure of FC(*), the central part of FC RNA, bound to Pol II. FC(*) RNA forms a double stem-loop structure in the Pol II active center cleft. B2 RNA may bind similarly, as it competes with FC(*) RNA for Pol II interaction. Both RNA inhibitors apparently prevent the downstream DNA duplex and the template single strand from entering the cleft after DNA melting and thus interfere with open-complex formation. Elongation is not inhibited, as nucleic acids prebound in the cleft would exclude the RNA inhibitors. The structure also indicates that A-form RNA could interact with Pol II similarly to a B-form DNA promoter, as suggested for the bacterial transcription inhibitor 6S RNA.

Structure of an RNA polymerase II-RNA inhibitor complex elucidates transcription regulation by noncoding RNAs.

Der nichtkodierende RNA-B2 und die RNA-Aptamer FC binden RNA-Polymerase (Pol) II und Boten-RNA-Transkription-Einleitung, aber keine Dehnung zu hemmen. Wir berichten die Kristallstruktur von FC(*), den zentralen Teil des FC RNA Pol II verpflichtet. FC(*) RNA bildet eine doppelte Haarnadelstruktur im aktiven Zentrum Pol II Gaumenspalte. B2-RNA kann ebenso binden, wie es mit FC(*) RNA Pol II Interaktion konkurriert. Beide RNA-Inhibitoren offenbar verhindern die nachgeschaltete DNA duplex und die Vorlage einzelner Strang der Hasenscharte nach DNA schmelzen und so st&ouml;ren &ouml;ffnen-Komplex-Bildung. Dehnung wird nicht gehemmt, wie Nukleins&auml;uren, die prebound in den Spalt die RNA-Inhibitoren ausschlie&szlig;en w&uuml;rde. Die Struktur zeigt, dass die A-Form-RNA Pol II &auml;hnlich zu B-Form DNA F&ouml;rderer, wie es f&uuml;r die bakterielle Transkription Inhibitor 6S RNA interagieren konnte.

Struktur eine RNS-Polymerase II-RNA-Inhibitor-komplexe erl&auml;utert Transkription Verordnung von noncoding RNAs.

Large-scale RNA interference (RNAi) screens in mammalian cells have mainly used synthetic small interfering RNA (siRNA) or short hairpin RNA (shRNA) libraries. The RNAi triggers for both of these approaches were designed with algorithm-based predictions to identify single sequences for mRNA knockdown. Alternatives to these approaches have recently been developed using enzymatic methods. Here we describe the concepts of enzymatically prepared shRNA and siRNA libraries, and discuss their strengths and limitations.

Enzymatically prepared RNAi libraries.

Gro&szlig;e RNA-Interferenz (RNAi)-Bildschirme in den S&auml;ugetier-Zellen haben vorwiegend synthetische small interfering RNA (SiRNA) oder kurze Haarnadel RNA (ShRNA) Bibliotheken. Die RNAi-Trigger f&uuml;r diese beiden Ans&auml;tze wurden mit Algorithmus basierenden Prognosen sollen einzelne Sequenzen f&uuml;r mRNA Niederschlag zu identifizieren. Alternativen zu diesen Ans&auml;tzen sind vor kurzem mit enzymatische Methoden entwickelt worden. Hier beschreiben wir die Konzepte der enzymatisch vorbereitete ShRNA und SiRNA-Bibliotheken, und diskutieren Sie ihre St&auml;rken und Grenzen.

Enzymatisch vorbereitete RNAi-Bibliotheken.

RNA interference (RNAi) has become an important technique for loss-of-gene-function studies in mammalian cells. To achieve reliable results in an RNAi experiment, efficient and specific silencing triggers are required. Here we present genome-wide data sets for the production of endoribonuclease-prepared short interfering RNAs (esiRNAs) for human, mouse and rat. We used an algorithm to predict the optimal region for esiRNA synthesis for every protein-coding gene of these three species. We created a database, RiDDLE, for retrieval of target sequences and primer information. To test this in silico resource experimentally, we generated 16,242 esiRNAs that can be used for RNAi screening in human cells. Comparative analyses with chemically synthesized siRNAs demonstrated a high silencing efficacy of esiRNAs and a 12-fold reduction of downregulated off-target transcripts as detected by microarray analysis. Hence, the presented esiRNA libraries offer an efficient, cost-effective and specific alternative to presently available mammalian RNAi resources.

Genome-wide resources of endoribonuclease-prepared short interfering RNAs for specific loss-of-function studies.

RNA-Interferenz (RNAi) ist eine wichtige Technik f&uuml;r Verlust der Genfunktion Studien in den S&auml;ugetier-Zellen geworden. Um zuverl&auml;ssige Ergebnisse in einem RNAi-Experiment zu erreichen, sind effiziente und spezifische silencing Trigger erforderlich. Hier pr&auml;sentieren wir genomweiten Datens&auml;tze f&uuml;r die Produktion von Endoribonuclease vorbereitete kurze interferierender RNAs (EsiRNAs) f&uuml;r Human, Maus und Ratte. Wir verwendet einen Algorithmus, um die optimale Region f&uuml;r EsiRNA Synthese f&uuml;r jedes Protein-kodierenden Gen dieser drei Arten vorherzusagen. Wir haben eine Datenbank, R&auml;tsel, f&uuml;r den Abruf von Ziel-Sequenzen und Grundierung Informationen erstellt. Um dies experimentell in Silico Ressource testen, generierten wir 16.242 EsiRNAs, die f&uuml;r RNAi-screening in den menschlichen Zellen verwendet werden kann. Vergleichende Analysen mit chemisch synthetisierte SiRNAs demonstrierte eine hohe silencing Wirksamkeit von EsiRNAs und eine Zw&ouml;lffache des Downregulated aus-Reduktionsziel Abschriften wie von Microarray-Analyse erkannt. Die vorgestellten EsiRNA-Bibliotheken bieten daher eine effiziente, kosteng&uuml;nstige und bestimmte Alternative zur derzeit verf&uuml;gbaren S&auml;ugetier-RNAi-Ressourcen.

Genomweiten Ressourcen des Endoribonuclease vorbereitete kurze interferierender RNAs f&uuml;r spezifische Loss of Function-Studien.

Cell division is fundamental for all organisms. Here we report a genome-scale RNA-mediated interference screen in HeLa cells designed to identify human genes that are important for cell division. We have used a library of endoribonuclease-prepared short interfering RNAs for gene silencing and have used DNA content analysis to identify genes that induced cell cycle arrest or altered ploidy on silencing. Validation and secondary assays were performed to generate a nine-parameter loss-of-function phenoprint for each of the genes. These phenotypic signatures allowed the assignment of genes to specific functional classes by combining hierarchical clustering, cross-species analysis and proteomic data mining. We highlight the richness of our dataset by ascribing novel functions to genes in mitosis and cytokinesis. In particular, we identify two evolutionarily conserved transcriptional regulatory networks that govern cytokinesis. Our work provides an experimental framework from which the systematic analysis of novel genes necessary for cell division in human cells can begin.

Genome-scale RNAi profiling of cell division in human tissue culture cells.

Zellteilung ist grundlegend f&uuml;r alle Organismen. Hier berichten wir einen Genom-Skala-RNA-vermittelte St&ouml;rung-Bildschirm in HeLa-Zellen entwickelt, um menschliche Gene zu identifizieren, die f&uuml;r die Zellteilung wichtig sind. Wir haben eine Bibliothek von Endoribonuclease vorbereitete kurze interferierender RNAs f&uuml;r gen-silencing und DNA-Content-Analyse zur Identifizierung von Genen, die induzierten Zellzyklus Verhaftung oder ver&auml;ndert Ploidie auf Unterdr&uuml;ckender verwendet haben. Validierung und sekund&auml;re Assays wurden durchgef&uuml;hrt, um ein neun-Parameter der Verlustfunktion Phenoprint f&uuml;r jedes der Gene zu generieren. Diese ph&auml;notypischen Signaturen erlaubt die Zuordnung von Genen f&uuml;r bestimmte funktionelle Klassen durch die Kombination von hierarchischen clustering, Kreuz-Arten Analyse und Proteomic-Data-Mining. Wir markieren den Reichtum unseres DataSet von aufgeb&uuml;rdete neuartige Funktionen um Gene in Mitose und Zellteilung. Insbesondere identifizieren wir zwei evolution&auml;r konservierte transkriptionelle regulatorische Netzwerken, die Zellteilung zu Regeln. Unsere Arbeit gibt einen experimentellen Rahmen, aus dem die systematische Analyse der neuartige Gene notwendig f&uuml;r Zellteilung in den menschlichen Zellen beginnen kann.

Genom-Skala RNAi Profilerstellung f&uuml;r Zellteilung in menschlichen Gewebekultur Zellen.

Pluripotent embryonic stem cells (ESCs) maintain self-renewal while ensuring a rapid response to differentiation cues. The identification of genes maintaining ESC identity is important to develop these cells for their potential therapeutic use. Here we report a genome-scale RNAi screen for a global survey of genes affecting ESC identity via alteration of Oct4 expression. Factors with the strongest effect on Oct4 expression included components of the Paf1 complex, a protein complex associated with RNA polymerase II. Using a combination of proteomics, expression profiling, and chromatin immunoprecipitation, we demonstrate that the Paf1C binds to promoters of key pluripotency genes, where it is required to maintain a transcriptionally active chromatin structure. The Paf1C is developmentally regulated and blocks ESC differentiation upon overexpression, and the knockdown in ESCs causes expression changes similar to Oct4 or Nanog depletions. We propose that the Paf1C plays an important role in maintaining ESC identity.

A genome-scale RNAi screen for Oct4 modulators defines a role of the Paf1 complex for embryonic stem cell identity.

Pluripotenten embryonaler Stammzellen (WSR) pflegen Selbsterneuerung und gleichzeitig eine schnelle Reaktion auf Differenzierung Hinweise. Die Identifizierung von Genen gleichzeitig ESC Identit&auml;t ist wichtig, diese Zellen f&uuml;r ihre m&ouml;glichen therapeutischen Einsatz zu entwickeln. Hier berichten wir einen Genom-Skala RNAi-Bildschirm f&uuml;r eine globale Umfrage von Genen beeinflussen ESC Identit&auml;t &uuml;ber Ver&auml;nderung des Oct4 Ausdruck. Faktoren mit der st&auml;rksten Wirkung auf Oct4 Ausdruck enthalten Komponenten der Paf1 complex, ein Proteinkomplex, der RNS-Polymerase II zugeordnet. Mit einer Kombination von Proteomics, Expression profiling und Chromatin Immunopr&auml;zipitation, zeigen wir, dass die Paf1C an F&ouml;rderer der wichtigsten Pluripotenz Gene bindet, wo ist es erforderlich, eine transcriptionally aktiv Chromatin-Struktur beizubehalten. Die Paf1C ist, entwicklungspolitisch geregelt und blockiert ESC Differenzierung nach &Uuml;berexpression und der Niederschlag in WSR veranlasst Ausdruck &Auml;nderungen &auml;hnlich wie Oct4 oder Nanog Zehrung. Wir schlagen die Paf1C spielt eine wichtige Rolle bei der Aufrechterhaltung der ESC Identit&auml;t.

Ein Genom-Skala RNAi-Bildschirm f&uuml;r Oct4 Modulatoren definiert eine Rolle die Paf1 Komplex f&uuml;r embryonale Stammzellen-Identit&auml;t.

Proliferation of mammalian cells requires the coordinated function of many proteins to accurately divide a cell into two daughter cells. Several RNAi screens have identified previously uncharacterised genes that are implicated in mammalian cell division. The molecular function for these genes needs to be investigated to place them into pathways. Phenotypic profiling is a useful method to assign putative functions to uncharacterised genes. Here, we show that the analysis of protein localisation is useful to refine a phenotypic profile. We show the utility of this approach by defining a function of the previously uncharacterised gene C13orf3 during cell division. C13orf3 localises to centrosomes, the mitotic spindle, kinetochores, spindle midzone, and the cleavage furrow during cell division and is specifically phosphorylated during mitosis. Furthermore, C13orf3 is required for centrosome integrity and anaphase onset. Depletion by RNAi leads to mitotic arrest in metaphase with an activation of the spindle assembly checkpoint and loss of sister chromatid cohesion. Proteomic analyses identify C13orf3 (Ska3) as a new component of the Ska complex and show a direct interaction with a regulatory subunit of the protein phosphatase PP2A. All together, these data identify C13orf3 as an important factor for metaphase to anaphase progression and highlight the potential of combined RNAi screening and protein localisation analyses.

Comparative profiling identifies C13orf3 as a component of the Ska complex required for mammalian cell division.

Verbreitung der S&auml;ugetier-Zellen erfordert die koordinierte Funktion vieler Proteine genau eine Zelle in zwei Tochterzellen unterteilen. Mehrere RNAi-Bildschirme haben zuvor uncharacterised Gene identifiziert, die in S&auml;ugetieren Zellteilung verwickelt sind. Die molekulare Funktion f&uuml;r diese Gene muss untersucht werden, um sie in Bahnen zu platzieren. Ph&auml;notypische profiling ist eine n&uuml;tzliche Methode uncharacterised Gene vermeintliche Funktionen zuweisen. Hier zeigen wir, dass die Analyse von Protein-Lokalisierung eine ph&auml;notypische Profil verfeinern kann. Wir zeigen das Dienstprogramm dieses Ansatzes durch die Definition einer Funktion im zuvor uncharacterised gen C13orf3 w&auml;hrend der Zellteilung. C13orf3 dynamisches Centrosomes, die mitotische Spindel, Kinetochores, Spindel Midzone und die Trennungsfurche w&auml;hrend der Zellteilung und ist speziell w&auml;hrend der Mitose phosphoryliert. Dar&uuml;ber hinaus ist die C13orf3 f&uuml;r Zentrosom Integrit&auml;t und Anaphase Beginn erforderlich. Ersch&ouml;pfung durch RNAi f&uuml;hrt zur mitotischen Verhaftung in Metaphase mit einer Aktivierung der Spindel Baugruppe Pr&uuml;fpunkt und Verlust der Schwester Chromatid Zusammenhalt. Proteomic Analysen identifizieren C13orf3 (Ska3) als neue Komponente der Ska-komplex und zeigen eine direkte Interaktion mit einem regulatorischen Untereinheit von den Protein-Phosphatase PP2A. Alle zusammen, diese Daten C13orf3 als ein wichtiger Faktor f&uuml;r Metaphase Anaphase Fortschreiten zu identifizieren und markieren Sie das Potenzial der kombinierten RNAi-Screening und Protein-Lokalisierung-Analysen.

Vergleichende Profilerstellung bezeichnet C13orf3 als Bestandteil der komplexen Ska f&uuml;r S&auml;ugetier-Zellteilung ben&ouml;tigt.

SKAnking with Ska3: essential role of Ska3 in cell division revealed by combined phenotypic profiling.

SKAnking mit Ska3: wesentliche Rolle des Ska3 bei der Zellteilung von offenbart kombiniert ph&auml;notypische Profilerstellung.

DNA repair is essential to maintain genome integrity, and genes with roles in DNA repair are frequently mutated in a variety of human diseases. Repair via homologous recombination typically restores the original DNA sequence without introducing mutations, and a number of genes that are required for homologous recombination DNA double-strand break repair (HR-DSBR) have been identified. However, a systematic analysis of this important DNA repair pathway in mammalian cells has not been reported. Here, we describe a genome-scale endoribonuclease-prepared short interfering RNA (esiRNA) screen for genes involved in DNA double strand break repair. We report 61 genes that influenced the frequency of HR-DSBR and characterize in detail one of the genes that decreased the frequency of HR-DSBR. We show that the gene KIAA0415 encodes a putative helicase that interacts with SPG11 and SPG15, two proteins mutated in hereditary spastic paraplegia (HSP). We identify mutations in HSP patients, discovering KIAA0415/SPG48 as a novel HSP-associated gene, and show that a KIAA0415/SPG48 mutant cell line is more sensitive to DNA damaging drugs. We present the first genome-scale survey of HR-DSBR in mammalian cells providing a dataset that should accelerate the discovery of novel genes with roles in DNA repair and associated medical conditions. The discovery that proteins forming a novel protein complex are required for efficient HR-DSBR and are mutated in patients suffering from HSP suggests a link between HSP and DNA repair.

A genome-scale DNA repair RNAi screen identifies SPG48 as a novel gene associated with hereditary spastic paraplegia.

DNA-Reparatur ist wesentlich Genom Integrit&auml;t erhalten, und Gene mit Rollen in DNA-Reparatur sind h&auml;ufig in einer Vielzahl von Krankheiten beim Menschen mutiert. Reparatur durch homologe Rekombination stellt in der Regel die urspr&uuml;ngliche DNA-Sequenz ohne Mutationen einzuf&uuml;hren, und wurde eine Reihe von Genen, die f&uuml;r homologe Rekombination DNA-Doppel-Strang-Pause-Reparatur (HR-DSBR) ermittelt. Eine systematische Analyse der diese wichtige DNA-Reparatur-Option in den S&auml;ugetier-Zellen wurde jedoch nicht berichtet. Hier beschreiben wir, Genom-Skala Endoribonuclease vorbereitete kurze interferierender RNA (EsiRNA) Leinwand f&uuml;r Genen, die in DNA-Doppelstrang-Pause-Reparatur. Wir berichten 61 Gene, die die H&auml;ufigkeit der HR-DSBR beeinflusst und im Detail eines der Gene, die die H&auml;ufigkeit der HR-DSBR zur&uuml;ckgegangen zu charakterisieren. Wir zeigen, dass das Gen KIAA0415 ein mutma&szlig;liches Helicase codiert, die mit SPG11 und SPG15, zwei Proteine mutiert in Heredit&auml;re Spastische Paraplegie (HSP) interagiert. Wir erkennen Mutationen bei HSP Patienten, KIAA0415/SPG48 als neuartige HSP-assoziierte gen, zu entdecken und zeigen, dass eine KIAA0415/SPG48-mutant-Zelllinie empfindlicher auf DNA sch&auml;digen Drogen ist. Wir pr&auml;sentieren die erste Genom-Skala-Umfrage von HR-DSBR in S&auml;ugetierzellen bietet eine Dataset, die die Entdeckung neuartiger Gene mit Rollen in der DNA-Reparatur und assoziierten Erkrankungen beschleunigen soll. Die Entdeckung, dass Proteine bilden ein neues Protein komplexe f&uuml;r effiziente HR-DSBR erforderlich sind und werden bei Patienten mit HSP mutierte schl&auml;gt eine Verbindung zwischen HSP und DNA-Reparatur.

Eine Genom-Skala-DNA reparieren RNAi Bildschirm SPG48 als ein neuartiges gen mit Heredit&auml;re Spastische Paraplegie identifiziert.

The development of advanced functional genomic tools has paved the way for systematic investigations of biological processes in health and disease. In particular, the implementation of RNA interference (RNAi) as a genome-wide, loss-of-function screening tool has enabled scientists to probe the role for every gene in cellular assays and many new factors for various processes have been discovered employing RNAi screens in recent years. However, the results also demonstrate the complexity of biological systems and indicate that we are still a long way from understanding functional networks in depth. Nevertheless, RNAi screens present a powerful method to interrogate gene function in high-throughput and different methods to elicit RNAi in mammalian cells have been developed. Here, we describe steps that should be considered when planning an RNAi screen employing endoribonuclease prepared (e)siRNAs. We provide useful information on how to implement the screen and analyze the results. Furthermore, we discuss strategies for hit validation and present an outline on how to follow-up on verified hits to gain a molecular understanding of the underlying phenotypes.

High-throughput RNAi screening in mammalian cells with esiRNAs.

Die Entwicklung von funktionalen genomische Sonderwerkzeuge ebnet den Weg f&uuml;r eine systematische Untersuchungen der biologischen Prozesse in Gesundheit und Krankheit. Insbesondere die Umsetzung der RNA-Interferenz (RNAi) als einer genomweiten, Verlust der Funktion Screening-Tool aktiviert hat Wissenschaftler um die Rolle f&uuml;r jedes Gen zellul&auml;re Assays und viele neue Faktoren zu untersuchen, f&uuml;r verschiedene Prozesse, dass besch&auml;ftigen RNAi Bildschirme in den letzten Jahren entdeckt worden sind. Die Ergebnisse zeigen die Komplexit&auml;t biologischer Systeme jedoch auch und darauf hinweisen, dass wir noch ein langer Weg von der funktionalen Netzwerke in der Tiefe zu verstehen sind. Dennoch RNAi-Bildschirme pr&auml;sentieren eine leistungsf&auml;hige Methode zur Genfunktion in hohem Durchsatz zu verh&ouml;ren und verschiedene Methoden zu entlocken RNAi in den S&auml;ugetier-Zellen entwickelt worden. Hier beschreiben wir die Schritte, die bei einen RNAi-Bildschirm besch&auml;ftigt Endoribonuclease vorbereitet (e) SiRNAs Planung ber&uuml;cksichtigt werden sollten. Wir bieten n&uuml;tzliche Informationen zum Implementieren des Bildschirms und die Ergebnisse analysieren. Dar&uuml;ber hinaus wir diskutieren Strategien f&uuml;r hit-Validierung und pr&auml;sentieren eine Gliederung zum Nachfassen Verifizierter Treffer, eine molekulare Verst&auml;ndnis der zugrunde liegenden Ph&auml;notypen zu gewinnen.

High-Throughput-RNAi-Screening in den S&auml;ugetier-Zellen mit EsiRNAs.

In tumor cells, stepwise oncogenic deregulation of signaling cascades induces alterations of cellular morphology and promotes the acquisition of malignant traits. Here, we identified a set of 21 genes, including FGF9, as determinants of tumor cell morphology by an RNA interference phenotypic screen in SW480 colon cancer cells. Using a panel of small molecular inhibitors, we subsequently established phenotypic effects, downstream signaling cascades, and associated gene expression signatures of FGF receptor signals. We found that inhibition of FGF signals induces epithelial cell adhesion and loss of motility in colon cancer cells. These effects are mediated via the mitogen-activated protein kinase (MAPK) and Rho GTPase cascades. In agreement with these findings, inhibition of the MEK1/2 or JNK cascades, but not of the PI3K-AKT signaling axis also induced epithelial cell morphology. Finally, we found that expression of FGF9 was strong in a subset of advanced colon cancers, and overexpression negatively correlated with patients' survival. Our functional and expression analyses suggest that FGF receptor signals can contribute to colon cancer progression.

An RNA interference phenotypic screen identifies a role for FGF signals in colon cancer progression.

In Tumorzellen schrittweise Onkogene Deregulierung der Signalisierung Kaskaden induziert Ver&auml;nderungen des zellul&auml;ren Morphologie und f&ouml;rdert den Erwerb von maligne Z&uuml;ge. Hier haben wir eine Reihe von 21 Gene, einschlie&szlig;lich FGF9, als Determinanten der Tumor Zellmorphologie durch eine RNA Interferenz ph&auml;notypische Bildschirm in SW480 Doppelpunkt Krebszellen identifiziert. Mit einem Panel von kleinen Molekulare Inhibitoren, wir etablierte anschlie&szlig;end ph&auml;notypische Effekte, nachgeschaltete Signalisierung ergie&szlig;t und zugeordneten Gen-Ausdruck-Signaturen von FGF-Rezeptor-Signalen. Wir fanden, dass Hemmung der FGF Signale epithelialen Zell-Adh&auml;sion und Verlust der Beweglichkeit in den Doppelpunkt Krebszellen induziert. Diese Effekte werden vermittelt &uuml;ber die Mitogen-aktivierte Proteinkinase (MAPK) und Rho GTPase ergie&szlig;t. Im Einvernehmen mit diesen Ergebnissen Hemmung der MEK1/2 oder JNK ergie&szlig;t, aber nicht der PI3K-AKT Signalisierung Achse auch epitheliale Zellmorphologie. Schlie&szlig;lich fanden wir, dass Ausdruck FGF9 in eine Teilmenge der erweiterte Doppelpunkt Krebsarten und &Uuml;berexpression negativ korreliert mit dem &Uuml;berleben der Patienten stark. Unsere funktionellen und Ausdruck Analysen zufolge FGF-Rezeptor-Signale zum Doppelpunkt Fortschreiten beitragen k&ouml;nnen.

Ein RNA-Interferenz ph&auml;notypische Bildschirm bezeichnet eine Rolle f&uuml;r FGF-Signale im Doppelpunkt Fortschreiten.

Whereas methods to comprehensively study cellular roles of protein-coding genes are available, techniques to systematically investigate long noncoding RNAs (lncRNAs), which have been implicated in diverse biological pathways, are limited. Here we report combined knockdown and localization analysis of noncoding RNAs (c-KLAN) that merges functional characterization and localization approaches to study lncRNAs. Using this technique we identified transcripts that regulate mouse embryonic stem cell identity.

Combined RNAi and localization for functionally dissecting long noncoding RNAs.

W&auml;hrend Methoden umfassend studieren zellulare Rollen der Protein-kodierenden Gene zur Verf&uuml;gung stehen, sind Techniken, lange noncoding RNAs (LncRNAs), systematisch zu untersuchen, die in vielf&auml;ltigen biologischen Bahnen verwickelt sind, beschr&auml;nkt. Hier berichten wir kombinierten Niederschlag und Lokalisierung Analyse von noncoding RNAs (c-KLAN), die Funktionelle Charakterisierung und Lokalisierung Ans&auml;tze, um LncRNAs zu studieren zusammenf&uuml;hrt. Mit dieser Technik wurden Abschriften, die Maus an embryonalen Stammzellen Identit&auml;t zu regulieren.

Article	Year
Discriminatory aptamer reveals serum response element transcription regulated by cytohesin-2. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America\| PubMed ID: 15277685	2004
Structure of an RNA polymerase II-RNA inhibitor complex elucidates transcription regulation by noncoding RNAs. Nature structural & molecular biology\| PubMed ID: 16341226	2006
Enzymatically prepared RNAi libraries. Nature methods\| PubMed ID: 16929314	2006
Genome-wide resources of endoribonuclease-prepared short interfering RNAs for specific loss-of-function studies. Nature methods\| PubMed ID: 17351622	2007
Genome-scale RNAi profiling of cell division in human tissue culture cells. Nature cell biology\| PubMed ID: 17994010	2007
A genome-scale RNAi screen for Oct4 modulators defines a role of the Paf1 complex for embryonic stem cell identity. Cell stem cell\| PubMed ID: 19345177	2009
Comparative profiling identifies C13orf3 as a component of the Ska complex required for mammalian cell division. The EMBO journal\| PubMed ID: 19387489	2009
SKAnking with Ska3: essential role of Ska3 in cell division revealed by combined phenotypic profiling. Cell cycle (Georgetown, Tex.)\| PubMed ID: 19838048	2009
A genome-scale DNA repair RNAi screen identifies SPG48 as a novel gene associated with hereditary spastic paraplegia. PLoS biology\| PubMed ID: 20613862	2010
High-throughput RNAi screening in mammalian cells with esiRNAs. Methods (San Diego, Calif.)\| PubMed ID: 21185384	2011
An RNA interference phenotypic screen identifies a role for FGF signals in colon cancer progression. PloS one\| PubMed ID: 21853123	2011
Combined RNAi and localization for functionally dissecting long noncoding RNAs. Nature methods\| PubMed ID: 22327834	2012

Mirko Theis

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