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Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses

Microbial contamination of the environment represents a significant health risk. Classical bacterial fecal indicators have shown to have significant ...

Three drinking-water treatment plants were analyzed for the presence of human adenoviruses (HAdV) and JC polyomavirus (JCPyV), previously suggested as viral contamination indicators, in order to define their water quality in relation to the presence of viral pathogens and the efficiency of the treatments applied. The 90% of the river water samples had positive results of HAdV (10(1)-10(4) genome copies (GC)/L); and 48%, of JCPyV (10(0)-10(3)GC/L). Lower concentrations of HAdV and JCPyV were found in different treatment steps of the plants in absence of bacterial standards. Virus removal efficiencies were higher than 5 logs in plants 1 and 3 and could be quantified as >2 logs in plant 2. However, three post-chlorinated samples from plants 2 and 3 (11%) were found to be positive for HAdV by qPCR, but did not show infectivity in the cell cultures assayed. Simple methods based on the adsorption-elution of viruses from glass wool give low-cost and efficient virus recovery from source water and large-volume water samples. Quantification of JCPyV and HAdV using qPCR is useful for evaluating virus removal efficiency in water treatment plants, identification of Hazard Analysis and Critical Control Points (HACCP) and as a molecular index of the virological quality of water. Though infectivity is not guaranteed when using qPCR techniques in water treated with disinfection processes, the quality of source water, where viruses have proved to have infective capabilities, and the removal efficiency of viral particles may be efficiently quantified.

Analysis of adenoviruses and polyomaviruses quantified by qPCR as indicators of water quality in source and drinking-water treatment plants.

Drei Trinkwasser Kl&auml;ranlagen wurden auf das Vorhandensein von menschlichen Adenoviren (HAdV) und JC Polyomaviridae (JCPyV), zuvor vorgeschlagen als viraler Indikatoren, um ihre Wasserqualit&auml;t in Bezug auf das Vorhandensein von viralen Krankheitserregern und die Effizienz der Behandlungen angewendet definieren analysiert. Die 90 % der der Fluss Wasserproben hatte positive Ergebnisse der HAdV (10(1)-10(4) Genom kopiert (GC) / l); und 48 %, der JCPyV (10(0)-10(3)GC/L). Niedrigere Konzentrationen von HAdV und JCPyV wurden in verschiedene Behandlungsschritte der Pflanzen in Abwesenheit der bakteriellen Normen gefunden. Virus Entfernung Effizienz waren h&ouml;her als 5 Protokolle in den Anlagen 1 und 3 und k&ouml;nnte als quantifiziert werden &gt; 2 meldet sich in Anlage 2. Drei post-chlorinated Proben aus Anlagen 2 und 3 (11 %) wurden positiv f&uuml;r HAdV von qPCR gefunden, jedoch nicht zeigen, Infektiosit&auml;t in Zellkulturen normalisiert. Einfache Methoden, die auf der Grundlage der Adsorption-Elution von Viren aus Glaswolle geben Ihnen kosteng&uuml;nstige und effiziente Virus Recovery nach Quelle Wasser und gro&szlig;volumige Wasserproben. Quantifizierung der JCPyV und HAdV mit qPCR eignet sich f&uuml;r die Bewertung der Virus entfernen Effizienz in Kl&auml;ranlagen, Identifizierung von Hazard Analysis and Critical Control Points (HACCP) und als molekulare Index der virologischen Qualit&auml;t des Wassers. Infektiosit&auml;t ist jedoch nicht gew&auml;hrleistet, wenn mit Desinfektionsprozesse, die Qualit&auml;t des Wassers der Quelle, mit qPCR-Techniken im Wasser, behandelt wo Viren erwiesen sich infekti&ouml;se Funktionen aufweisen, und die Entfernung-Effizienz der viralen Partikel effizient quantifiziert werden kann.

Analyse von Adenoviren und Polyomaviruses quantifiziert durch qPCR als Indikatoren f&uuml;r die Wasserqualit&auml;t in Kl&auml;ranlagen Quell- und Trinkwasser.

Human adenovirus and JC polyomavirus have been proposed as viral indicators of human faecal contamination of water. This study compared concentration and nucleic acid extraction methods and defines a protocol for quantifying human adenoviruses (HAdV), JC polyomavirus (JCPyV) and noroviruses (NoV) in source and drinking water. River water samples and spiked tap water samples were used to evaluate virus recovery, applying quantitative PCR (qPCR) to five concentration methods. In the case of 10-L samples, the use of ultrafiltration cartridges produced acceptable recoveries for HAdV and JCPyV, but they were inefficient for noroviruses and could not be applied to high-volume and river water samples with medium turbidity. The glass wool method with pre-acidification gave similar recoveries and made it possible to detect NoV. In the case of 50-L samples, the method that produced the highest recovery efficiency and applicability was glass wool filtration. Comparing different sample volumes of a river used as source water showed that the largest number of viruses were quantified when lower volumes (1L) were tested (1.5 x 10(4) HAdV genome copies (GC)/L and 2.8 x 10(3) JCPyV GC/L). The methods developed are easy to standardize and may be valuable tools for the control of viral contamination in source water and for assessing the efficiency of virus removal in drinking water treatment plants.

Comparison of methods for concentrating human adenoviruses, polyomavirus JC and noroviruses in source waters and drinking water using quantitative PCR.

Menschliche Adenovirus und JC Polyomaviridae wurden als virale Indikatoren f&uuml;r menschliche f&auml;kale Kontamination von Wasser vorgeschlagen. Diese Studie verglich Konzentration und Nukleins&auml;ure-Extraktionsmethoden und definiert ein Protokoll zur Quantifizierung von menschlicher Adenoviren (HAdV), JC Polyomaviridae (JCPyV) und Noroviren (NoV) in Quell- und Trinkwasser. Fluss Wasser und Spike Leitungswasser-Proben wurden zur Virus Recovery, Anwendung von quantitativen PCR (qPCR) auf f&uuml;nf Konzentration Methoden zu bewerten. Bei 10-L-Beispiele der mit dem Einsatz der Ultrafiltration akzeptabel Wiederherstellungen f&uuml;r HAdV und JCPyV produziert, aber sie waren f&uuml;r Noroviren ineffizient und konnte nicht zu umfangreicher und Fluss Wasserproben mit mittlere Tr&uuml;bung angewendet werden. Die Glaswolle-Methode mit Pre-acidification gab &auml;hnliche Wiederherstellungen und erm&ouml;glichte es, NoV zu erkennen. Im Falle von 50-L-Proben war die Methode, die die h&ouml;chsten Restitutionsg&uuml;te und Anwendbarkeit produziert Glaswolle Filtrierung. Vergleichen unterschiedliche Probenvolumina eines Flusses verwendet als Quelle Wasser zeigte, dass die gr&ouml;&szlig;te Zahl von Viren quantifiziert wurden, wenn geringere Mengen (1 L) getestet wurden (1, 5 x 10 4 HAdV Genom kopiert (GC) / l und 2,8 X 3 JCPyV GC/L). Die entwickelten Methoden sind leicht zu standardisieren und m&ouml;glicherweise wertvolle Werkzeuge f&uuml;r die Kontrolle von viraler in Quelle Wasser und f&uuml;r die Beurteilung der Effizienz der Virenentfernung in Trinkwasseraufbereitungsanlagen.

Vergleich der Methoden f&uuml;r die Konzentration von menschlichen Adenoviren, Polyomaviridae JC und Noroviren in Quellcode Gew&auml;ssern und Trinkwasser mit quantitativen PCR.

Die Familie Asfarviridae enth&auml;lt nur einen einzigen Virus-Arten, Afrikanische Schweinepest-Virus (ASF). ASF ist eine virale Agent mit erheblichen wirtschaftlichen Auswirkungen aufgrund ihrer verheerenden Auswirkungen auf die Populationen von domestizierten Schweine bei Ausbr&uuml;chen aber nicht wurde berichtet, Menschen zu infizieren. Wir berichten hier die Entdeckung neuartiger virale Sequenzen in humanem Serum und Abwasser, die eindeutig im Zusammenhang mit der Asfarvirus-Familie, aber h&ouml;chst unterschiedliche von ASF sind. Erkennung dieser Sequenzen legt nahe, dass gr&ouml;&szlig;erer genetischer Vielfalt unter den Asfarviruses vorhanden ist, als zuvor gedacht und l&ouml;st die M&ouml;glichkeit, dass die Infektion von Asfarviruses auftreten kann.

Erkennung von Roman Sequenzen mit Bezug zu afrikanischen Schweinepest-Virus in humanem Serum und Abwasser.

The family Asfarviridae contains only a single virus species, African swine fever virus (ASFV). ASFV is a viral agent with significant economic impact due to its devastating effects on populations of domesticated pigs during outbreaks but has not been reported to infect humans. We report here the discovery of novel viral sequences in human serum and sewage which are clearly related to the asfarvirus family but highly divergent from ASFV. Detection of these sequences suggests that greater genetic diversity may exist among asfarviruses than previously thought and raises the possibility that human infection by asfarviruses may occur.

Detection of novel sequences related to african Swine Fever virus in human serum and sewage.

Recently, three new polyomaviruses (KI, WU and Merkel cell polyomavirus) have been reported to infect humans. It has also been suggested that lymphotropic polyomavirus, a virus of simian origin, infects humans. KI and WU polyomaviruses have been detected mainly in specimens from the respiratory tract while Merkel cell polyomavirus has been described in a very high percentage of Merkel cell carcinomas. The distribution, excretion level and transmission routes of these viruses remain unknown.Here we analyzed the presence and characteristics of newly described human polyomaviruses in urban sewage and river water in order to assess the excretion level and the potential role of water as a route of transmission of these viruses. Nested-PCR assays were designed for the sensitive detection of the viruses studied and the amplicons obtained were confirmed by sequencing analysis. The viruses were concentrated following a methodology previously developed for the detection of JC and BK human polyomaviruses in environmental samples. JC polyomavirus and human adenoviruses were used as markers of human contamination in the samples. Merkel cell polyomavirus was detected in 7/8 urban sewage samples collected and in 2/7 river water samples. Also one urine sample from a pregnant woman, out of 4 samples analyzed, was positive for this virus. KI and WU polyomaviruses were identified in 1/8 and 2/8 sewage samples respectively. The viral strains detected were highly homologous with other strains reported from several other geographical areas. Lymphotropic polyomavirus was not detected in any of the 13 sewage neither in 9 biosolid/sludge samples analyzed.This is the first description of a virus isolated from sewage and river water with a strong association with cancer. Our data indicate that the Merkel cell polyomavirus is prevalent in the population and that it may be disseminated through the fecal/urine contamination of water. The procedure developed may constitute a useful tool for studying the excreted strains, prevalence and transmission of these recently described polyomaviruses.

Newly described human polyomaviruses Merkel cell, KI and WU are present in urban sewage and may represent potential environmental contaminants.

Vor kurzem wurden drei neue Polyomaviruses (KI, WU und Merkel Zelle Polyomaviridae) gemeldet, um Menschen zu infizieren. Es wurde auch vermutet, dass diese lymphotrope Polyomaviridae, ein Virus, simian Ursprungs, Menschen infiziert. KI und WU Polyomaviruses wurden haupts&auml;chlich in Proben aus den Atemwegen nachgewiesen, w&auml;hrend Merkel Zelle Polyomaviridae in einem sehr hohen Prozentsatz der Merkel Zelle Karzinome beschrieben wurde. Die Verteilung, Ausscheidung Ebene und &Uuml;bertragung von Routen dieser Viren bleiben unbekannt.Hier analysieren wir die Pr&auml;senz und die Merkmale der neu beschriebene menschliche Polyomaviruses im st&auml;dtischen Abwasser und Flusswasser zur Bewertung der Ausscheidung-Ebene und die potenzielle Rolle von Wasser als Weg der &Uuml;bertragung dieser Viren. Nested-PCR-Assays wurden zum empfindlichen Nachweis von Viren studierte entworfen und der Amplifikate abgerufen wurden durch Sequenzierung Analyse best&auml;tigt. Die Viren wurden konzentriert nach eine Methodik, die zuvor f&uuml;r den Nachweis von JC und BK menschlichen Polyomaviruses in Umweltproben entwickelt. JC Polyomaviridae und menschlichen Adenoviren wurden als Marker der menschlichen Verunreinigung in den Beispielen verwendet. Merkel Zelle Polyomaviridae wurde in 7/8 st&auml;dtischen Abwasser Proben gesammelt und in 2/7 Fluss Wasserproben festgestellt. Auch eine Urinprobe von einer schwangeren Frau, aus 4 Proben analysiert, war positiv f&uuml;r dieses Virus. KI und WU Polyomaviruses wurden in 1/8 und 2/8 Abwasser bzw. samples. Die Virenst&auml;mme erkannt wurden hochgradig Homologen mit anderen St&auml;mmen, die aus mehreren anderen geographischen Gebieten berichtet. Lymphotropes Polyomaviridae wurde nicht erkannt, in jedem der 13 Abwasser weder in 9 Biosolid/Schlamm Proben analysiert.Dies ist die erste Beschreibung eines Virus isoliert von Abwasser- und Fluss-Wasser mit einem starken Verband mit Krebs. Unsere Daten zeigen, dass die Merkel Zelle Polyomaviridae in der Bev&ouml;lkerung weit verbreitet ist und es durch die f&auml;kale/Urin-Verunreinigung von Wasser verbreitet werden kann. Das entwickelte Verfahren kann ein n&uuml;tzliches Werkzeug f&uuml;r das Studium der ausgeschiedenen St&auml;mme, Pr&auml;valenz und &Uuml;bertragung dieser k&uuml;rzlich beschriebenen Polyomaviruses darstellen.

Neu beschriebene menschliche Polyomaviruses Merkel Zelle, KI und WU im st&auml;dtischen Abwasser vorhanden sind und m&ouml;glicherweise potentielle Umweltschadstoffe dar.

Pollution of water by sewage and run-off from farms produces a serious public health problem in many countries. Viruses, along with bacteria and protozoa in the intestine or in urine are shed and transported through the sewer system. Even in highly industrialized countries, pathogens, including viruses, are prevalent throughout the environment. Molecular methods are used to monitor viral, bacterial, and protozoan pathogens, and to track pathogen- and source-specific markers in the environment. Molecular techniques, specifically polymerase chain reaction-based methods, provide sensitive, rapid, and quantitative analytical tools with which to study such pathogens, including new or emerging strains. These techniques are used to evaluate the microbiological quality of food and water, and to assess the efficiency of virus removal in drinking and wastewater treatment plants. The range of methods available for the application of molecular techniques has increased, and the costs involved have fallen. These developments have allowed the potential standardization and automation of certain techniques. In some cases they facilitate the identification, genotyping, enumeration, viability assessment, and source-tracking of human and animal contamination. Additionally, recent improvements in detection technologies have allowed the simultaneous detection of multiple targets in a single assay. However, the molecular techniques available today and those under development require further refinement in order to be standardized and applicable to a diversity of matrices. Water disinfection treatments may have an effect on the viability of pathogens and the numbers obtained by molecular techniques may overestimate the quantification of infectious microorganisms. The pros and cons of molecular techniques for the detection and quantification of pathogens in water are discussed.

Molecular detection of pathogens in water--the pros and cons of molecular techniques.

Verschmutzung des Wassers durch Abw&auml;sser und Abwicklung von Bauernh&ouml;fen produziert ein ernste Gesundheitsproblem in vielen L&auml;ndern. Viren, Bakterien und Protozoen im Darm oder im Urin sind vergossen und durch die Kanalisation bef&ouml;rdert. Selbst in hochindustrialisierten L&auml;ndern sind Krankheitserreger, einschlie&szlig;lich Viren, vorherrschend in der gesamten Umgebung. Molekulare Methoden werden verwendet, um Protozoen, virale und bakterielle Krankheitserreger zu &uuml;berwachen und verfolgen, Krankheitserreger und Quellcode-spezifische Marker in der Umgebung. Molekulare Techniken, speziell Polymerase Kettenreaktion-basierte Methoden, bieten vertrauliche und schnelle quantitative analytische Tools, mit denen solche Krankheitserreger, einschlie&szlig;lich neuer oder emerging St&auml;mme zu studieren. Diese Techniken werden verwendet, um die mikrobiologische Qualit&auml;t von Nahrung und Wasser zu bewerten und um die Effizienz der Entfernung von Viren im Trinkwasser und Kl&auml;ranlagen zu bewerten. Die Palette der verf&uuml;gbaren Methoden f&uuml;r die Anwendung molekularer Techniken ist gestiegen und die damit verbundenen Kosten sind gesunken. Diese Entwicklungen haben die m&ouml;gliche Standardisierung und Automatisierung bestimmter Techniken erlaubt. In einigen F&auml;llen erleichtern sie die Identifikation, Genotypisierung,-Enumeration Rentabilit&auml;tsbewertung st&uuml;tzt und Quellcode-Verfolgung von menschlichen und tierischen Verunreinigungen. Aktuelle Verbesserungen in Detektionstechnologien haben dar&uuml;ber hinaus die gleichzeitige Erfassung der mehrere Ziele in einer einzigen Probe erlaubt. Jedoch bed&uuml;rfen der molekularer Techniken verf&uuml;gbar heute und Minderj&auml;hrigen Entwicklung weitere Verfeinerung standardisierte und gilt mit einer Vielfalt von Matrizen. Wasser Desinfektion Behandlungen m&ouml;glicherweise Auswirkungen auf die Lebensf&auml;higkeit von Krankheitserregern und die Zahlen, die durch molekulare Techniken k&ouml;nnen die Quantifizierung der infekti&ouml;sen Mikroorganismen &uuml;bersch&auml;tzen. Die vor- und Nachteile von molekularer Techniken zur Erkennung und Quantifizierung der Krankheitserreger im Wasser werden diskutiert.

Molekulare Nachweis der Erreger im Wasser--die vor- und Nachteile molekularer Techniken.

Human adenoviruses (HAdV) and JC polyomaviruses (JCPyV) have been proposed as markers of fecal/urine contamination of human origin. An indirect immunofluorescence assay has been developed to quantify infectious human adenoviruses types 2 and 41 and JC polyomaviruses strain Mad-4 in water samples. The immunofluorescence assay was compared with other quantitative techniques used commonly such as plaque assay, tissue culture infectious dose-50 and quantitative PCR (qPCR). The immunofluorescence assays showed to be specific for the detection of infectious viruses, obtaining negative results when UV or heat-inactivated viruses were analyzed. The assays required less time and showed higher sensitivity for the detection of infectious viral particles than other cell culture techniques (1 log(10) more) evaluated. River water samples spiked previously with human adenoviruses and raw sewage samples were also analyzed using the proposed immunofluorescence assay as well as by qPCR. The results show quantitations with 2 log(10) reduction in the numbers of infectious viruses compared with the number of genome copies detected by qPCR. The immunofluorescence assay developed is fast, sensitive, specific, and a standardizable technique for the quantitation and detection of infectious viruses in water samples.

Detection and quantitation of infectious human adenoviruses and JC polyomaviruses in water by immunofluorescence assay.

Menschliche Adenoviren (HAdV) und JC Polyomaviruses (JCPyV) wurden als Marker der f&auml;kalen/Urin-Verunreinigung des menschlichen Ursprungs vorgeschlagen. Ein indirekter Immunfluoreszenz-Assay wurde entwickelt, um infekti&ouml;se menschlichen Adenoviren-Typen 2 und 41 zu quantifizieren und JC Polyomaviruses Stamm Mad-4 in Wasserproben. Der Immunfluoreszenz-Assay wurde verglichen mit anderen quantitativen Techniken wie Plaque-Assay, Gewebekultur infekti&ouml;se Dosis-50 und quantitative PCR (qPCR) h&auml;ufig verwendete. Die Immunfluoreszenz-Assays zeigten spezifisch zum Nachweis der infekti&ouml;sen Viren, negative Ergebnisse erhalten, wenn UV oder Hitze inaktiviert Viren analysiert wurden. Die Assays ben&ouml;tigt weniger Zeit und zeigten h&ouml;heren Empfindlichkeit f&uuml;r den Nachweis von Infektionskrankheiten virale Partikel als andere Zellkultur-Techniken (weitere 1 log(10)) ausgewertet. Fluss Wasserproben Pfennigabsatz zuvor mit menschlichen Adenoviren und ungekl&auml;rte Abw&auml;sser, die Proben mit den vorgeschlagenen Immunfluoreszenz-Assay auch analysiert wurden sowie von qPCR. Die Ergebnisse zeigen Quantitations mit 2 log(10)-Reduzierung der Anzahl der infekti&ouml;sen Viren, verglichen mit der Anzahl der Genom-Kopien von qPCR erkannt. Der Immunfluoreszenz-Assay entwickelt ist schnelle, Sensitive und spezifische ein standardizable Verfahren f&uuml;r die quantitative Bestimmung und Nachweis von infekti&ouml;sen Viren in Wasserproben.

Nachweis und quantitative Bestimmung der infekti&ouml;sen menschlichen Adenoviren und JC Polyomaviruses im Wasser durch Immunfluoreszenz-Assay.

At this time, about 3,000 different viruses are recognized, but metagenomic studies suggest that these viruses are a small fraction of the viruses that exist in nature. We have explored viral diversity by deep sequencing nucleic acids obtained from virion populations enriched from raw sewage. We identified 234 known viruses, including 17 that infect humans. Plant, insect, and algal viruses as well as bacteriophages were also present. These viruses represented 26 taxonomic families and included viruses with single-stranded DNA (ssDNA), double-stranded DNA (dsDNA), positive-sense ssRNA [ssRNA(+)], and dsRNA genomes. Novel viruses that could be placed in specific taxa represented 51 different families, making untreated wastewater the most diverse viral metagenome (genetic material recovered directly from environmental samples) examined thus far. However, the vast majority of sequence reads bore little or no sequence relation to known viruses and thus could not be placed into specific taxa. These results show that the vast majority of the viruses on Earth have not yet been characterized. Untreated wastewater provides a rich matrix for identifying novel viruses and for studying virus diversity. IMPORTANCE: At this time, virology is focused on the study of a relatively small number of viral species. Specific viruses are studied either because they are easily propagated in the laboratory or because they are associated with disease. The lack of knowledge of the size and characteristics of the viral universe and the diversity of viral genomes is a roadblock to understanding important issues, such as the origin of emerging pathogens and the extent of gene exchange among viruses. Untreated wastewater is an ideal system for assessing viral diversity because virion populations from large numbers of individuals are deposited and because raw sewage itself provides a rich environment for the growth of diverse host species and thus their viruses. These studies suggest that the viral universe is far more vast and diverse than previously suspected.

Raw sewage harbors diverse viral populations.

Zu diesem Zeitpunkt etwa 3.000 verschiedene Viren werden erkannt, aber durchgef&uuml;hrte metagenomische Studien deuten darauf hin, dass diese Viren sind ein Bruchteil der Viren, die in der Natur vorhanden sind. Wir haben viral Vielfalt durch Ultratiefe Sequenzierung von Nukleins&auml;uren gewonnenen Virion Bev&ouml;lkerung bereichert von rohes Abwasser untersucht. Wir identifizieren 234 bekannte Viren, einschlie&szlig;lich 17, die Menschen infizieren. Pflanzen, Insekten, sowie Algen Viren und Bakteriophagen waren ebenfalls anwesend. Diese Viren vertreten 26 taxonomische Familien und Viren mit einzelstr&auml;ngige DNA (SsDNA), doppelstr&auml;ngige DNA (DsDNA), positiv-Sinn SsRNA [ssRNA(+)] und sequenzspezifischen Genome enthalten. Neuartige Viren, die in bestimmten Taxa platziert werden konnte vertreten 51 verschiedene Familien, machen unbehandeltes Abwasser die unterschiedlichsten virale Metagenome (genetisches Material direkt von Umweltproben erholt) bisher untersucht. Jedoch die &uuml;berwiegende Mehrheit der Sequenz liest trug wenig oder gar keine Sequenz Beziehung zu bekannten Viren und konnte somit nicht in bestimmten Taxa gestellt werden. Diese Ergebnisse zeigen, dass die &uuml;berwiegende Mehrheit der Viren auf der Erde noch nicht gepr&auml;gt haben. Unbehandeltes Abwasser bietet eine reiche Matrix zur Identifizierung von neuartiger Viren und zur Untersuchung von Virus-Vielfalt. Bedeutung: Zu diesem Zeitpunkt konzentriert sich Virologie auf die Studie einer relativ kleinen Zahl von viralen Arten. Bestimmte Viren werden studiert, weil sie leicht im Labor weitergegeben werden oder weil sie mit der Krankheit verbunden sind. Das Fehlen von Kenntnissen &uuml;ber die Gr&ouml;&szlig;e und Merkmale des viralen Universums und die Vielfalt der virale Genome ist ein Hindernis f&uuml;r das Verst&auml;ndnis wichtiger Fragen, wie die Herkunft der aufstrebenden Krankheitserreger und das Ausma&szlig; der Gen-Austausch zwischen Viren. Unbehandeltes Abwasser ist ein ideales System f&uuml;r die Bewertung von viralen Vielfalt da Virion Populationen von gro&szlig;en Zahl von Menschen hinterlegt sind und ungekl&auml;rte Abw&auml;sser selbst eine ideale Umgebung f&uuml;r das Wachstum der unterschiedlichen Host-Arten und damit ihre Viren bietet. Diese Studien legen nahe, dass das virale Universum weit mehr riesige und vielf&auml;ltige als zuvor vermutet.

Rohes Abwasser birgt verschiedene virale Bev&ouml;lkerungsgruppen.

Hepatitis E virus (HEV) is a common cause of water-borne acute hepatitis in areas with poor sanitation. In 2004 an outbreak of HEV infection affected around 2,000 people in Eastern Chad (Dar Sila). This paper describes the decrease in the incidence of acute jaundice syndrome (AJS) from 2004 until 2009 when a mean incidence of 0.48 cases/1,000 people/year was recorded in the region. Outbreaks of AJS were identified in some of the camps in 2007 and 2008. Moreover, water samples from drinking water sources were screened for human adenoviruses considered as viral indicators and for hepatitis A virus and HEV. Screening of faecal samples from donkeys for HEV gave negative results. Some of the samples were also analysed for faecal coliforms showing values before disinfection treatment between 3 and >50 colony forming units per 100 mL. All water samples tested were negative for HEV and HAV; however, the presence of low levels of human adenoviruses in 4 out of 16 samples analysed indicates possible human faecal contamination of groundwater. Consequently, breakdowns in the treatment of drinking water and/or increased excretion of hepatitis viruses, which could be related to the arrival of a new population, could spread future outbreaks through drinking water.

Occurrence of water-borne enteric viruses in two settlements based in Eastern Chad: analysis of hepatitis E virus, hepatitis A virus and human adenovirus in water sources.

Hepatitis E-Virus (HEV) ist eine h&auml;ufige Ursache f&uuml;r w&auml;ssrige akute Hepatitis in Gebieten mit mangelhafter Hygiene. Im Jahr 2004 betroffen Ausbruchs einer HEV-Infektion rund 2.000 Menschen im Osten des Tschad (Dar Sila). Dieses Whitepaper beschreibt die Verringerung der Inzidenz von akuten Gelbsucht-Syndrom (AJS) von 2004 bis 2009 als eine mittlere Inzidenz von 0,48 F&auml;lle/1.000 Menschen pro Jahr in der Region aufgezeichnet wurde. Ausbr&uuml;che von AJS wurden in einige der Lager in 2007 und 2008 identifiziert. Dar&uuml;ber hinaus wurden Wasserproben aus Trinkwasser-Quellen f&uuml;r menschliche Adenoviren als virale Indikatoren und Hepatitis-A-Virus und HEV gezeigt. Screening von Kotproben von Eseln f&uuml;r HEV gaben negative Ergebnisse. Einige der Proben wurden auch f&uuml;r F&auml;kalcoliforme zeigen Werte vor der Desinfektion Behandlung zwischen 3 analysiert und &gt; 50 Kolonie bilden Einheiten pro 100 mL. Alle Wasserproben, die getestet wurden f&uuml;r HEV und HAV negativ; jedoch zeigt das Vorhandensein von niedrigem Niveau der menschlichen Adenoviren 4 von 16, die Proben analysiert m&ouml;gliche menschliche f&auml;kale Kontamination des Grundwassers. Pannen in der Aufbereitung von Trinkwasser und/oder erh&ouml;hte Ausscheidung von Hepatitisviren, die die Ankunft einer neuen Population verwandt sein k&ouml;nnte, k&ouml;nnte folglich k&uuml;nftiger Ausbr&uuml;che durch Trinkwasser verteilt.

Vorkommen von Wasser-enterischen Viren in zwei Siedlungen mit Sitz in Osttschad: Analyse der Hepatitis E-Virus, Hepatitis-A-Virus und menschlichen Adenovirus in Wasserquellen.

Article	Year
Analysis of adenoviruses and polyomaviruses quantified by qPCR as indicators of water quality in source and drinking-water treatment plants. Water research\| PubMed ID: 19230949	2009
Comparison of methods for concentrating human adenoviruses, polyomavirus JC and noroviruses in source waters and drinking water using quantitative PCR. Journal of virological methods\| PubMed ID: 19428577	2009
Detection of novel sequences related to african Swine Fever virus in human serum and sewage. Journal of virology\| PubMed ID: 19812170	2009
Newly described human polyomaviruses Merkel cell, KI and WU are present in urban sewage and may represent potential environmental contaminants. Virology journal\| PubMed ID: 20584272	2010
Molecular detection of pathogens in water--the pros and cons of molecular techniques. Water research\| PubMed ID: 20619868	2010
Detection and quantitation of infectious human adenoviruses and JC polyomaviruses in water by immunofluorescence assay. Journal of virological methods\| PubMed ID: 20863853	2011
Raw sewage harbors diverse viral populations. mBio\| PubMed ID: 21972239	2011
Occurrence of water-borne enteric viruses in two settlements based in Eastern Chad: analysis of hepatitis E virus, hepatitis A virus and human adenovirus in water sources. Journal of water and health\| PubMed ID: 21976198	2011

Byron Calgua

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